Histori lahirnya otonomi khusus (OTSUS) sebenarnya lahir akibat aspirasi Masyarakat Papua meminta kemerdekaan Papua sejak tahun 1961. sebagai kelahiran baru dari Dewan Nieuw Guinea Raad yang dibentuk Pemerintahan Belanda sejak tahun 1961, Presidium Dewan Papua adalah langkah awal perjuangan aspirasi yang paling fundamental bagi masyarakat Papua.
Sehingga asumsi umum masyarakat Papua adalah bahwa otsus adalah bagian dari manipulatif Pemerintah Pusat era Pemerintahan Gusdur-Megawati kepada Masyarakat papua. Mengapa disebut manipulatif karena bila dilihat menggunakan perspektif sejarah “otsus” ini berawal dari terbentuknya Presidium Dewan Papua (PDP) yang dipimpin oleh Almarhum Theis Eluay, Tom Beanal, Yoris Rawayai , dan Fredi Numberi dan sebagainya. Ketika mereka ini melalui PDP Papua mengangkat aspirasi Merdeka (M) namun hal ini dicekal oleh Presiden Megawati Soekarno Putri, melalui kematian bapak Theys Eluay sebagai Presiden Dewan Papua saat itu. Setelah meninggalnya bapak Theys, akhirnya Pemerintah membuat semacam paket kebijakan yang dinamakan Otsus.
Otsus yang dibuat saat itu perancangan kebijakannya tidak melalui aspirasi masyarakat papua. Otsus dibentuk pada tahun 2001 dengan perjanjian selama 20 tahun. Implementasi kebijakan otsus melalui kebijakan afirmatif bagi orang Papua, namun implementasinya tidak berhasil 100% artinya gagal dan parahnya otsus sendiri tidak dievaluasi oleh Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah (PEMDA). Selama 20 tahun implementasi otsus bagi seluruh orang asli Papua adalah bahwa implementasi Otsus telah gagal.
Otonomi Khusus Jilid II Pasca 20 tahun otsus jilid pertama, Pemerintah justru takut dengan aspirasi “M” oleh Masyarakat Papua, sebab itu Pemerintah berusaha memperpanjang OTSUS jilid II melalui Kementerian dalam Negeri Indonesia (KEMENDAGRI). Saat itu diadakan pertemuan oleh pak Tito Karnavian dengan beberapa perwakilan PEMDA Papua di Timika guna membahas terkait perpanjangan OTSUS di Papua. Pak Tito sendiri pernah mengatakan bahwa “orang Papua harus minta aspirasi lain jangan aspirasi merdeka”. Tidak lama setelah pembahasan itu tiba-tiba dan mengagetkan orang Papua bahwa OTSUS diperpanjang menjadi OTSUS jilid II, tanpa persetujuan dan melalui mekanisme penyusunan kebijakan yang melibatkan orang Papua.
Mekanisme yang dimaksud disini adalah bagaimana OTSUS sebelum dilanjutkan harus terlebih dahulu dilakukan Musyawarah bersama Majelis Rakyat Papua (MRP) dan seluruh Masyarakat Papua, serta melakukan jajak pendapat oleh MRP. Otonomi Khusus Jilid II, Tidak lama setelah pembahasannya tiba-tiba dan mengagetkan orang Papua bahwa OTSUS diperpanjang menjadi OTSUS jilid II, tanpa persetujuan dan melalui mekanisme penyusunan kebijakan yang melibatkan orang Papua. Mekanisme yang dimaksud disini adalah bagaimana OTSUS sebelum dilanjutkan harus
dilakukan jajak pendapat terlebih dahulu yang dilakukan oleh MRP kepada seluruh Masyarakat Papua. Pasca 20 tahun otsus jilid pertama, Pemerintah justru takut dengan aspirasi “M” oleh Mereka Pemerintah Papua (DPR dan Gubernur) Papua yang diharapkan menjadi representasi orang Papua tidak dilibatkan dalam penyusunan OTSUS jilid II. Hanya DPR Papua pak Yan Mandenas dan Pak Willem wandik (MRP) yang dilibatkan dalam pembicaran perpanjangan dana otsus. Hal inilah yang membuat Masyarakat Papua melakukan berbagai aksi protes penolakan OTSUS jilid II di Papua dan luar Papua. Aksi penolakan Otsus oleh mahasiswa Papua di Jakarta sebanyak 2 kali namun, tidak membuahkan hasil justru, banyak para pendemo ditangkap ke Polda Metro Jaya Jakarta. Saat ada isu demo penolakan OTSUS jilid sedang gencar disuarakan, malah diredam dengan isu PON Papua, hingga Masyarakat Internasional akan melihat bahwa Papua itu sedang baik-baik saja.
Alokasi dana otsus dilakukan pertama melalui Pemerintah Pusat yang totalnya untuk OTSUS Jilid II diperkirakan ada kurang-lebih 62 triliun. Untuk dana otsus yang pertama memang tidak sebesar yang jilid II dan parahnya lagi tidak dilakukan AUDIT anggaran OTSUS sejak 2001 hingga 2021. Nominal OTSUS jilid II sangat besar, namun bila dilihat transparansi pengelolaan sering terkendala, misalnya; saat pencairan dana OTSUS sering ada delay antara Pemerintah Pusat (PERPUS) kepada PEMDA saat, tahap Pencairan pun selama 3 bulan. Hal ini menimbulkan kecurigaan adanya investasi dana otsus oleh Pemerintah melalui deposito anggaran di Bank-Bank terkait. pak Lukas Enembe (Mantan Gubernur Papua) pernah mengatakan bahwa “kita Pemimpin Papua ini hanya menjalankan saja soal Kebijakan itu mereka Pusat yang atur Kita”.Tahapan pencairan dana OTSUS biasanya melalui Pusat- PEMDA-OBJEK (Masyarakat Papua). PEMDA Papua yang biasanya lebih mengetahui aliran dana OTSUS adalah Gubernur Papua, Sekretaris Daerah (SEKDA), dan Bendahara (Kepala Keuangan ). Seharusnya alokasi anggaran diketahui oleh PEMDA, DPR, DPRP, dan MRP.
